Różnica między sekwencjonowaniem całego genomu a sekwencjonowaniem strzelby

Jakie są sekwencjonowanie całego genomu i sekwencjonowanie strzelby?

Są to metody oceny i sekwencji DNA genomu organizmu w jednym czasie.

Podobieństwo

Podobieństwa między sekwencjonowaniem całego genomu a sekwencjonowaniem strzelby obejmują;

• Oba są zaangażowane w sekwencjonowanie fragmentów kwasu deoksyrybonukleinowego
• Obie techniki obejmują fragmentację genomową
• Obie techniki wykorzystują digitalizację i są oparte na komputerze
• Obie techniki odgrywają kluczową rolę w badaniach naukowych i diagnostyce molekularnej

Sekwencjonowanie całego genomu

Sekwencjonowanie całego genomu AKA (WGS) to szczegółowa technika badania całej sekwencji kwasu deoksyrybonukleinowego genomowego komórki w ciągu jednego czasu.

Sekwencjonowanie całego genomu stało się dostępne po opublikowaniu projektu genomu ludzkiego, który dostarczyła odniesienia dla ludzkich sekwencji genomu.

Sekwencjonowanie strzelby

Sekwencjonowanie strzelby obejmuje nieplanowane podział kwasu deoksyrybonukleinowego, rozkładając sekwencje kwasu deoksyrybonukleinowego na wiele małych fragmentów, a następnie ponownie ich montaż (sekwencja) poprzez wymyślenie obszarów nakładania się.

Różnica między sekwencjonowaniem całego genomu a strzelbą

Opis

Sekwencjonowanie całego genomu

Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) jest procesem układu jednoetapowego. W tej technice cały genom (haploidalny zestaw chromosomów w mikroorganizmie) odbywa się najpierw ścinanie. Następnie każdy z tych niewielkich kruchego odłamków ulega losowo procesem układu. Po zakończeniu tego układu lub sekwencjonowania ma miejsce analiza. Istnieje eliminacja nakładającego się procesu sekwencjonowania w momencie oceny układu/sekwencji, a ocena nie jest techniką uporządkowaną. Stąd montaż sekwencji jest mniej udanym i skutecznym procesem. Jednak proces sekwencjonowania całego genomu jest szybszy, a ocena całego genomu (haploidalny zestaw chromosomów w mikroorganizmie) może mieć miejsce w jednym wystąpieniu.

Sekwencjonowanie strzelby

Sekwencjonowanie strzelby jest laboratoryjną metodą oceny sekwencji kwasu deoksyrybonukleinowego materiału genetycznego organizmu (genom). Technika obejmuje rozbicie materiału genetycznego organizmu na małe fragmenty kwasu deoksyrybonukleinowego, które reprezentują indywidualne sekwencjonowanie.

Zastosowania

Sekwencjonowanie całego genomu

• Choroba noworodka i pediatryczna - odlicza warianty strukturalne i skanują obszary egzoniczne, które nie są odpowiednio schwytane.
• Badania leków i farmakogenomika - WGS oferuje korzystny mechanizm front -end dla badań klinicznych, które pomagają w klasyfikacji osób (pacjentów) na podstawie odpowiedzi na badane leki lub leki.
• Zmienność regulacyjna i EQTL
• Rzadkie typy plotek - WGS to poprawna metoda badania rzadkich guzów. Ta technika pomaga w badaniu i przechwytywaniu pełnego zakresu mutacji, od zmian pojedynczych podstawowych (pojedyncza zasada w kwasu deoksyrybonukleinowym różni się od zwykłej podstawy w tej pozycji) do większych przegrupowań chromosomalnych, w jednorazowym eksperymencie.
• Genomika klanu - rodowody choroby rodziny - Taps Multiplex Podigres z rodzin dotkniętych problemami genetycznymi.
• Duże kohorty z rozległym fenotypowaniem

Sekwencjonowanie strzelby

• Bada sekwencję kwasu deoksyrybonukleinowego genomu organizmu.
• Wydajna metoda pośrednio sekwencji kwasu rybonukleinowego lub białek (poprzez otwarte ramki odczytu)
• Najbardziej preferowana metoda dla wszystkich innych rodzajów haploidalnego zestawu chromosomów w sekwencjonowaniu mikroorganizmu. Całkowity haploidalny zestaw chromosomów wielu organizmów, - krowa, kurczak, szczur, rośliny Arabidopsis thaliana, pufferfish i wiele organizmów mikroskopowych zostały zsekwencjonowane zgodnie z tą techniką.
• Prawie wykończone i prawie końcowe zespoły de novo genomów drobnoustrojów w bardzo mniej
• Moc sekwencjonowania dużych, złożonych genomów
• GS FLX+ System odczytuje długość do 1 kb
• Wykonaj zespoły hybrydowe

Kroki

Sekwencjonowanie całego genomu

• Generowanie sekwencjonowania odczytu bezpośrednio z repozytorium całego genomu (haploidalny zestaw chromosomów w mikroorganizmie)
• Zastosowanie metod obliczeniowych do ponownego montażu w jednym kroku
• Używany do muchy owocowej (Drosophila melanogaster) i przez Celera Genomics (opracowany 1998) dla ludzkiego genomu (haploidalny zestaw chromosomów w mikroorganizmie)

Sekwencjonowanie strzelby

• Kroki sekwencjonowania strzelby obejmują;
• Przygotowanie biblioteki
• Sekwencjonowanie fragmentów cfDNA
• Liczenie fragmentu
• Wyrównanie sekwencji
• Analiza statystyczna i raportowanie.

Streszczenie

Punkty różnicy między sekwencjonowaniem całego genomu a sekwencjonowaniem strzelby zostały podsumowane jak poniżej:

Sekwencjonowanie całego genomu w porównaniu do sekwencjonowania strzelby